システム開発に活用できる補助金4選！採択事例や選び方なども解説

システム開発に補助金を活用すれば、高額な開発費の負担を抑えつつIT化やDXを推進できるため、中小企業にとって大きなチャンスとなります。しかし、補助金の種類は様々で、自社に合う制度を選ぶのは容易ではありません。

本記事では、システム開発に活用しやすい4つの補助金の特徴や採択事例を紹介し、選び方を解説します。自社に合った補助金を見つけ、システム開発に活用しましょう。

システム開発に活用できる補助金4選

システム開発には費用がかかりますが、公的な補助金制度を上手に活用すれば、開発費用の負担を大幅に軽減できます。

ものづくり補助金・事業再構築補助金・小規模事業者持続化補助金・IT導入補助金は、システム開発で利用しやすい制度です。

ここでは、これら4つの制度について紹介します。

ものづくり補助金

ものづくり補助金は、中小企業等が行う革新的な製品・サービスの開発や、生産プロセスの省力化に必要な設備・システム投資などを支援する国の補助金制度です。製造業に限らずIT・サービス業も対象であり、自社専用のシステム開発や業務のデジタル化（DX）による効率化などにも利用できます。

生成AIの技術を活用した新サービス向けシステムを一から開発したり、既存業務をAIで自動化・効率化したりするような投資案件も、補助対象として採択された事例があります。補助金額の上限は補助対象となる枠によって異なり、海外展開を伴う「グローバル枠」では最大4,000万円まで支給されます。

通常枠は、数百万円～数千万円規模です。補助率は中小企業で1/2（小規模事業者や再生事業者等は2/3）となっており、大きな投資を比較的少ない自己負担で実施できる点が特徴です。

ものづくり補助金の対象者

ものづくり補助金の対象は、日本国内に本社および補助事業の実施場所を有する中小企業者等です。中小企業等経営強化法第2条第1項で規定される中小企業者が該当します。

製造業の場合は資本金3億円または従業員300人以下、サービス業では資本金5,000万円または従業員100人以下など、業種に応じた条件があります。

個人事業主も含まれており、要件を満たせば申請が可能です。

ものづくり補助金の補助率や対象経費

補助上限額や補助率は事業の類型（申請枠）によって異なります。2025年度時点では、主に「製品・サービス高付加価値化枠」と「グローバル枠」の2つが中心です。以下にそれぞれの要件と上限・補助率をまとめました。

区分	製品・サービス高付加価値化枠	グローバル枠
要件	革新的な新製品・新サービスの開発による高付加価値化	海外事業の実施による国内の生産性向上
補助上限額	750万円～2,500万円	3,000万円
補助率	中小企業：1/2、小規模事業者・再生事業者：2/3	中小企業：1/2、小規模事業者：2/3
補助対象経費	機械装置・システム構築費、技術導入費、専門家経費、運搬費、クラウドサービス利用費、原材料費、外注費、知的財産権等関連経費	海外旅費、通訳・翻訳費、広告宣伝・販売促進費

補助対象経費には、上記のとおり生産性向上に必要な費用が含まれます。

ものづくり補助金の採択事例

ものづくり補助金ではITシステム開発も多数採択されており、公式の成果事例検索データベースでも「システム開発」で150件以上ヒットしています。その中から代表的な事例を3つ紹介します。

【ビットコインの流通性向上に係るシステム開発】

仮想通貨取引所の取引を安全かつ効率化するため、高速マッチング発注エンジンの強化や板情報・各種チャート機能の追加、送金・決済機能を備えた高機能取引モバイルアプリの開発に取り組みました。

参考：成果事例検索｜ものづくり補助事業公式ホームページ ものづくり補助金総合サイト

【がん検診の診断医不足解消と精度向上を図るシステムの開発】

各地で撮影されたがん検診画像を都市部の専門医が遠隔で一括診断できるよう、遠隔画像診断のための複数システムを開発しました。

参考：成果事例検索｜ものづくり補助事業公式ホームページ ものづくり補助金総合サイト

【多品種・高品質樹脂加工品を安定供給する生産システム開発】

樹脂加工メーカーが、高付加価値製品の生産における不良率の高さや生産管理の手間を解決するため、IoTとAIを活用したスマート生産プロセスを構築しました。

参考：成果事例検索｜ものづくり補助事業公式ホームページ ものづくり補助金総合サイト

新事業進出補助金

新事業進出補助金は、2025年に開始された新しい大型補助金制度で、前身の「事業再構築補助金」の後継にあたります。既存事業とは異なる新たな事業に挑戦する中小企業等の支援を目的としており、企業の規模拡大や生産性向上、持続的な賃上げにつなげることが期待されているのです。

例えば、生成AIを活用した新サービスの開発や、自社のDX化と組み合わせた新サービス提供など、新規性の高い事業プランに対して設備投資やシステム開発費用を補助します。

既存業務の効率化や改良では申請できず、「新事業進出指針」で定義された新分野展開・事業転換などの類型に合致する必要があります。

厳格な要件はありますが、その分補助上限額も最大9,000万円と高額で、思い切った新規事業への投資を後押しする内容です。

新事業進出補助金の対象者

補助対象となるのは、「企業の成長・拡大に向けて新規事業に挑戦する中小企業等」です。

基本的には中小企業基本法等で定義される中小企業者が該当し、ものづくり補助金と同様に日本国内に本社および事業実施拠点が必要です。

公募要領では、「中小企業等」の詳細定義として組合や特定事業者、リース事業者等も含まれており、一定の中堅企業についても条件付きで対象となる場合があります。

また、既に同補助金で採択済みの事業を実施中の企業や、過去に補助金の交付取り消し・返還命令を受けた企業も申請不可とされています。

要件を満たす中小企業であれば業種は問わず、製造業・サービス業・IT企業から飲食・小売業まで幅広い企業が応募可能です。

新事業進出補助金の補助率や対象経費

新事業進出補助金の補助率は、一律で対象経費の1/2です。補助上限額は企業規模に応じて異なり、従業員20人以下の場合2,500万円、101人以上では7,000万円と設定されています。

補助対象経費として認められる項目は様々ですが、代表的なものは以下のとおりです。

• 機械装置・システム構築費（リース料を含む）
• 建物費
• 運搬費
• 技術導入費
• 知的財産権等関連経費
• 外注費
• 専門家経費
• クラウドサービス利用費
• 広告宣伝・販売促進費

経費を補助対象とする点は旧事業再構築補助金と似ていますが、特徴として「機械装置・システム費」、「建物費」のいずれかの計上が必須で、ソフト開発だけでなく設備投資を伴う計画である必要があります。

対象経費の範囲が建物や広告費まで含め広いこと、補助金額が大きい分ハードルも高いことが特徴といえるでしょう。

旧事業再構築補助金の採択事例

2021～2023年度に実施された旧「事業再構築補助金」でも、DXやオンラインサービス構築に関連する多くの採択事例が生まれました。その中から、ブライダル業界の事業転換に関するケースを紹介します。

コロナ禍で結婚式需要が落ち込む中、老舗の結婚式場運営企業が大胆にDXを取り入れ、総合イベントプロデュース事業へ転換した事例があります。

この企業では事業再構築補助金を活用し、新たなオンラインシステムの開発やECサイトの構築、配信機材・映像設備の導入などに投資しました。

その結果、従来は対面中心だったブライダル事業を、オンライン配信イベントや物販ECを組み合わせた新事業へと再構築し、デジタル技術を駆使した顧客体験の提供に乗り出しています。

新システム開発によるオンライン招待状サービス構築や自社ECによる引出物・ギフト販売、新機材によるライブ配信ウェディングの提供など、アナログ中心だったビジネスモデルをデジタルシフトする取り組みが各地で行われました。

これらの事例は、新事業進出補助金においても既存事業のDX化×新サービス展開という観点で、参考になる成功例といえるでしょう。

参考：㈱八芳園 事業計画書

店舗のDXについてはこちらの記事で解説しています。ぜひこちらもご確認ください。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者等が販路開拓やそれに伴う業務効率化の取り組みを支援するために経費の一部を補助する制度です。

小規模事業者持続化補助金は、国の他の補助金と同一の事業に対して重複して補助を受けることはできません。

同一の取組について二重に国費補助を受けることが禁止されており、他の補助金を既に受給・予定している場合は事前に両方の事務局に確認が必要とされています。

小規模事業者持続化補助金の対象者

対象者は中小企業基本法で定義される「小規模事業者等」に該当する事業者です。法人企業や個人事業主のほか、特定非営利活動法人（NPO法人）も含まれます。

業種ごとに従業員数の基準を満たす必要があり、商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）は常時使用する従業員5人以下、宿泊業・娯楽業と製造業その他は20人以下という規模要件があるのです。

従業員数基準以内であれば小規模事業者と認められ、補助金の申請資格を有します。

小規模事業者持続化補助金の補助率や対象経費

小規模事業者持続化補助金の基本的な補助率は2/3です。補助金額の上限は申請する枠によって異なり、通常枠では上限50万円、賃金引上げ枠・卒業枠・後継者支援枠・創業枠などの特別枠では上限200万円が原則です。

さらに、インボイス制度への対応など一定の要件を満たす場合は、いずれの枠でも上限額に+50万円の特例加算が認められます。

• 広告宣伝費
• 販売促進費
• 開発費
• 機械装置費
• ウェブサイト関連費
• 設備処分費
• 委託・外注費
• 雑役務費
• 借料

上記のように、小規模事業者持続化補助金では広告宣伝から設備投資、人件費に至るまで販路開拓等に直接必要な経費が対象です。

ただし、汎用性が高すぎるものや補助事業の目的に合致しない経費は対象外となるため、公募要領で定められた経費区分に該当する必要があります。

小規模事業者持続化補助金の採択事例

小規模事業者持続化補助金を活用してシステム開発に取り組み、販路拡大や業務改善につなげた採択事例を2つ紹介します。

【IoTを活用した遠隔監視システム開発】

従業員1名の自販機・防犯カメラ管理業者が、令和2年度補正予算のコロナ特別対応型持続化補助金を活用し、IoT技術による遠隔監視システムの開発に成功しました。

参考：事例⑤補助金活用によるＩｏＴの新システム開発によって販路拡大を実現｜熊本商工会議所

【製造プロセスの効率化とインバウンド対応システムの開発】

東京都の情報通信業者が「生成工程簡素化とインバウンド特化システム開発」に取り組んだ採択事例です。

具体的な事業詳細は公表資料のプロジェクト名から推察されるのみですが、製品やサービスの生成（製造）工程を簡素化するシステムと、訪日外国人対応の機能を持つシステムを開発・応用し、生産効率の向上と新たな市場（インバウンド需要）開拓を狙ったものです。

このように、小規模事業者持続化補助金ではIoT活用による遠隔管理システムから製造プロセス改善システムまで、様々なIT・システム開発プロジェクトが採択されています。

いずれも自社の課題解決や販路拡大を目的とした取組であり、補助金をテコに小規模事業者が新たな技術導入に挑戦した成功事例です。

参考：小規模事業者持続化補助金＜一般型＞ 【商工会議所地区】第１３回締切分採択者一覧｜小規模事業者持続化補助金

IT導入補助金

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者が自社の業務効率化や生産性向上のためにITツールを導入する費用の一部を補助する制度です。

例えば、会計ソフトや受発注システム、クラウドサービスといったソフトウェア導入、業務システムの構築などに対して国が費用負担を支援します。

目的は中小企業の業務効率アップと売上アップであり、IT活用を促進し企業の生産性向上を図るものです。

IT導入補助金の対象者・ツール

IT導入補助金の対象となるのは、日本国内で事業を営む中小企業・小規模事業者など中小企業基本法に定める中小企業等です。

製造業・商業・サービス業など業種は問わず、中小企業庁の定める中小企業規模の範囲内であれば申請可能です。小規模事業者も含まれますが、大企業は対象外となります。

また、IT導入補助金で補助対象となるITツールには制限があります。事前に事務局の審査を経て承認・登録されたITツールであることが必要です。

IT導入支援事業者が提供するソフトウェア、クラウドサービス、アプリケーション等を事前に補助金事務局へ登録申請し承認を受けたものだけが、補助金の対象経費として認められます。

そのため、企業は補助金利用にあたって公式に登録されたITツールの中から導入製品を選ぶ必要があるのです。

IT導入補助金の補助率や対象経費

IT導入補助金にはいくつかの申請区分（枠）があり、それぞれ補助率や上限額、対象経費が定められています。主な枠と概要は以下の通りです。

• 通常枠：補助率は1/2（50%）で、補助金の上限額は導入するITツールの機能数に応じて5万円～450万円まで幅がある
• インボイス対応枠：補助率は2/3以内～最大3/4まで拡充され、小規模事業者の場合は一部経費で補助率4/5が適用される。補助上限額は補助金額350万円までで、会計ソフト・受発注ソフト・決済ソフトなどインボイス対応に必要な機能を有するITツールの導入費用が対象
• セキュリティ対策推進枠：補助率は中小企業の場合1/2以内、小規模事業者の場合2/3以内と設定されており、補助金の上限額は150万円

また、IT導入補助金で補助対象となる経費は、基本的にはITツール導入に直接必要な費用です。具体的には、以下のようなものが含まれます。

• ソフトウェア費
• 導入関連費
• オプション費用
• ハードウェア費

以上のように、IT導入補助金ではソフトウェア本体の購入費やクラウドサービス利用料、導入支援サービス費用が主な補助対象経費です。

IT導入補助金の採択事例

IT導入補助金を活用して業務のデジタル化・効率化に成功した中小企業の事例を2件紹介します。それぞれ異なる業種で、ITツール導入により管理業務の改善や生産性向上を達成しています。

【自動車整備業のデジタル化】

社内の整備作業や検査の記録管理を効率化するため、IT導入補助金を活用して「EBE整備システム」という新しい業務システムを導入しました。これまで紙や従来システムで個別管理していた顧客情報・整備履歴を一元管理できるようになり、事務作業の大幅な効率化につながりました。

参考：ITツール活用事例｜IT導入補助金

【建設業における積算システム導入】

公共工事の受注拡大と元請け比率向上を目指し、2021年にIT導入補助金を利用して公共工事積算システム「ATLUS REAL Evo」を導入しました。従来、人手と経験に頼っていた積算業務を専用システムでデジタル化したことで、見積精度が向上し入札受注件数が増加する効果が現れました。

導入翌年の2022年度には受注件数が増え、システム活用により社員の業務負担が軽減されたことでスタッフの積極性も向上しています。

以上の事例から、IT導入補助金の活用によって現場業務や管理業務のデジタル化・省力化が各業界で進んでいることが分かります。

参考：IT導入補助金2021 活用事例

弊社ではマーケティングの知見を用いて成果につながりやすいシステムの構築を得意としています。弊社のシステム開発事例やサービス概要についてはこちらからご確認ください。

システム開発に活用できる補助金の選び方

補助金はそれぞれ対象とする事業目的や企業規模が異なるため、自社の状況に合った制度を選ぶことが大切です。

例えば、ITツール導入で業務効率化を目指すならIT導入補助金、新商品や新サービスの開発にはものづくり補助金などが活用できます。

下記で、システム開発に活用できる補助金の選び方を解説します。

【既存事業の改善などに取り組む場合】ものづくり補助金

ものづくり補助金は、自社の既存業務プロセスを見直したり、新製品・サービスの開発に挑戦したりする場合に活用しやすい補助金制度です。

業務の効率化や生産プロセス改善を目的とした設備導入、革新的な製品・サービス開発のための投資を支援します。

補助上限額は一般枠で1社あたり数千万円規模と比較的大きく、自社開発の業務システム費用も補助対象になります。

受発注管理システムや生産管理システム等の導入を通して、業務効率化や新サービス提供を図る企業にとって、力強い資金支援策です。

【新商品・サービスの開発などに取り組む場合】新事業進出補助金

新事業進出補助金は、コロナ禍以降に創設された「事業再構築補助金」の流れを汲む新たな制度で、事業の大胆な転換や新分野への進出を目指す企業に適しています。

既存事業とは異なる市場での新規事業展開や業態転換に伴う設備投資・システム開発を手厚く支援し、中小企業の挑戦を後押しします。

補助上限額は企業規模に応じ最大7,500万〜9,000万円と高額ですが、交付決定前に事業着手すると補助金を受け取れない点に注意が必要です。

新規事業開発でおすすめのシステム開発会社やサービス開発についてはこちらの記事で解説しています。ぜひこちらもご確認ください。

【従業員20名以下の小規模事業者の場合】小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、商工会議所や商工会が窓口となっている、小規模事業者向けの身近な補助金制度です。従業員数20名以下（商業・サービス業では5名以下）の小規模企業や個人事業主が対象で、販路開拓や売上アップの取り組みに対して経費の一部が補助されます。

補助上限額は通常枠で50万円ですが、賃金引上げや創業等の特別枠では最大200万円まで引き上げられています。

小規模事業者にとっては使い勝手が良い反面、補助額が小さいため、広告宣伝費など他制度では賄いにくい経費の補填に活用すると効果的です。

【ITツールなどの導入を検討している場合】IT導入補助金

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者が自社の業務効率化や売上向上のためにITツールを導入する際に利用できる補助金制度です。

会計ソフトや受発注管理システム、顧客管理（CRM）、在庫管理、RPAツールなどの導入費用が対象となり、その経費の1/2が補助されます。

最大補助額は通常枠で450万円と設定されているため、中小企業のIT化投資のハードルを下げる効果があるでしょう。

会計ソフトを導入したい場合は、弥生やマネーフォワードなど登録ベンダーのツールを選定すれば、そのベンダーが申請手続きをサポートしてくれます。

中小企業側はITツール選定から申請書類作成まで専門家のサポートを受けられるメリットがあります。

自社独自開発のシステムや未登録のソフトウェアは原則補助対象とならないため、事前に公式サイトのITツール一覧で対象か確認しておきましょう。

弊社では、予算に合わせたシステム開発の提案をさせていただきます。もちろん、見積もりとご提案は無料です。予算が決まっていない場合もぜひこちらからお問い合わせください。

システム開発に活用できる補助金を申請する際の手順

システム開発に関連する補助金を申請する際には、通常以下のような手順を踏みます。計画から導入・申請まで段取り良く進めることで、開発と補助金手続きの両立を図りましょう。

• システム開発の見積もりを取る
• 補助金申請のスケジュールを確認する
• 必要書類を準備する

以上の手順を踏むと、補助金申請とシステム開発プロジェクトを並行して進められます。

採択後は、交付申請や実績報告など事後手続きも控えているため、開発スケジュールと補助事業期間の整合性にも注意してプロジェクトを管理しましょう。

補助金を活用したシステム開発は株式会社BALANCeがおすすめ

補助金を活用したシステム開発で大切なのは、開発経験が豊富で補助金の制度にも精通している会社を選ぶことです。株式会社BALANCeは、ユーザー数100万人超えのサービス開発実績を持ち、補助金を活用したシステムの開発、運用・保守までを一貫して対応可能です。

補助金の申請サポートも可能なため、補助金を活用したシステム開発をワンストップでご提案可能です。

補助金を活用して安くシステム開発を行いたいと考えている方や、自社に最適な補助金を知りたいと考えている方はぜひ無料の相談、見積もりをご活用ください。

システム開発に活用できる補助金を申請するメリット

システム開発に活用できる補助金を申請するメリットは、様々です。ここでは、システム開発に活用できる補助金を申請するメリットを紹介します。

費用の負担を軽減できる

システム開発には多額の初期投資が必要ですが、補助金を活用するとその一部を国や自治体から支援してもらえます。

事業費の1/2や1/3といった割合が補助される制度もあり、自己資金の不足を補いやすくなります。

補助金により初期投資の負担が軽減され資金繰りに余裕が生まれることで、他の事業活動への投資も可能です。

さらに、自己資金に対する心理的な不安も和らぎ、プロジェクトを安心して進められる効果もあります。

新しい技術に挑戦しやすい

補助金によって資金面のリスクが下がるため、企業はAIやIoT、クラウドなど先端技術の導入に積極的に挑戦しやすくなります。

AI導入補助金やものづくり補助金では、画像認識AIによる検品システム導入やIoT機器を用いた業務改善など、最新技術を活用したプロジェクトが数多く採択されているのです。

このように、補助金があることで先進的な技術革新へのハードルが下がり、結果的に企業は競争力強化につながる開発に踏み出しやすくなります。

社会的な信用度を向上できる

公的補助金の審査に採択されること自体が「公的な審査を通過した企業」との評価につながり、企業のブランド価値や信用度が向上するケースも多々あります。

補助金申請では事業計画や予算が専門家による厳しいチェックを受けるため、採択＝事業内容が国や自治体に認められた証ともいえます。

また、自治体や国と連携して事業を進めていることで社会的責任を果たしているアピールにもなり、取引先や顧客からの評価向上にもつながるでしょう。

システム開発に活用できる補助金を申請するデメリット

補助金の活用には上記のようなメリットもありますが、デメリットも存在します。デメリットは、以下のとおりです。

• 申請手続きが煩雑で時間がかかる
• 補助金の用途に制限がある
• 申請が不採択になる可能性がある
• 補助金は後払いのため、資金繰りに影響する

以上のように、補助金の活用には手続き・運用面での負担や制約もあります。

場合によっては「補助金をあえて使わず自費で進めた方が事業が円滑に進む」こともあり得るため、メリットとデメリットを比較した上で活用を検討してください。

システム開発に活用できる補助金を申請する際の注意点

システム開発のための補助金は大変多額の費用負担を軽減しプロジェクト推進に役立ちます。

申請には公募要領の把握等を含めた入念な準備が必要で、知識不足のままでは不採択となる可能性があります。

そのため、補助金を上手に活用するには計画的な準備と正確な手続きが欠かせません。ここでは、システム開発に活用できる補助金を申請する際の注意点を解説します。

申請期間をきちんと確認する

補助金の公募期間は短いため、締切日を見落とさないよう余裕を持ったスケジュールで申請しましょう。

申請準備では見積書や事業計画書の作成、GビズID取得などに時間がかかるため、最低1ヶ月前から取りかかることが大切です。

また、オンライン申請に不慣れな場合、入力ミスや書類データの添付漏れが起こりやすいので注意しましょう。

対象外や無効になる事項を確認する

補助金制度では、事業期間外の支出は補助対象経費と認められません。

例えば、補助対象期間が5月1日～11月末日の場合、その開始前である4月の支出は対象外となります。

交付決定日前に契約・発注した場合、補助金を受給できません。そのため、開始時期と支出タイミングには細心の注意を払いましょう。

補助金を必ず受け取れるとは限らないことを理解する

補助金は、申請すれば必ず受け取れるとは限りません。

採択のハードルは高く、応募内容が制度の趣旨に合致しているか、事業計画の内容や資金計画など、厳しく審査されます。要件を満たしていても、不採択となる場合もあります。

そのため、採択されるには事業計画を綿密に練り上げ、審査で高く評価される内容に仕上げることが重要です。

補助金は後払いのため資金計画をしっかり立てる

補助金は、事業完了後の精算払い（後払い）で支給されます。

開発費用は一度自社で全額立て替える必要があるため、高額な場合は資金繰りに注意しなければいけません。そのため、入金までのキャッシュフローを計画しておきましょう。

IT導入補助金では、交付決定から補助金振込まで4～7ヶ月を要する場合もあるため、注意が必要です。

補助金を活用したシステム開発はBALANCeにご相談ください

補助金を活用すればシステム開発にかかる費用負担を大幅に抑え、導入がスムーズに進みます。ただし、申請には十分な準備期間を設け、必要書類を期日までに確実に提出し、補助対象外の経費が含まれないよう注意しましょう。

さらに、採択率は決して高くないため、事業計画書を作成して審査に臨むことが重要です。補助金は後払いであるため、その点も踏まえ、資金計画も万全に整えておきましょう。

株式会社BALANCeは、補助金を活用したシステム開発を得意としています。企画立案から開発・運用まで伴走する高い開発力を持ち、大手企業を含むクライアントとの取引実績もあります。補助金を活用したシステム開発を検討中の方は、ぜひBALANCeにご相談ください。